Un groupe de jeunes dresseurs pokemons voyagent à bord d'un bateau. Malheuresement, ils se retrouvent piégés dans un tourbillon qui engloutit le bateau et séparent les dresseurs de leurs pokemons. Les humains se retrouvent alors avalés par le siphon. Ils se réveillent autre part, en face d'un immense continent. A ce moment, il y a un flash de lumière aveuglante et les naufragés se retrouvent sur une plage du continent et découvrent qu'ils ont étés changés en pokemons. Ils marchent pendant un certain temps et finissent par arriver à un village peuplés de pokemons. Intrigués par l'histoire des nouveaux-venus, les premiers habitants de l'île leur permettent de vivre dans le village car ils ne sont plus humains. Mais ils restent des mystères à éclaircir. D'ou venait cette lumière ? Pourquoi les humains ont-ils étés transformés ? Y a t-il eu d'autres conséquences du flash lumineux ? Personne ne le sait mais tous risquent de le découvrir.